内部结构，天然的蓝宝石内部结构杂乱没有顺序，含有杂质，合成的内部结构错落有序，洁净无瑕；硬度，天然的易碎，而合成的是由纯氧化铝在高温下制成，不容易碎；包裹体，天然的包裹体种类复杂，形状多样不规则，而合成的包裹体大多是气泡包裹体，形状规则。
天然的蓝宝石大部分内部结构凌乱且没有顺序，含有杂质，纯净没有瑕疵的天然蓝宝石几乎没有，而合成的蓝宝石内部结构有序，洁净无瑕。天然的蓝宝石颜色纯度很高，透光性很强，合成的蓝宝石则是色泽刺眼、光彩肤浅，没有天然蓝宝石色泽的深沉感。
天然的蓝宝石容易碎，如果收到重物撞击就会碎掉。而合成的蓝宝石是由纯氧化铝在高温下制作而成，硬度高、透明度大，不易刮伤，在受到重物撞击之后只会留下裂痕，不会碎掉。
天然的蓝宝石包裹体种类丰富且复杂，分别有细小的固体矿物、气液体包裹体，形状多样且不规则。而合成的蓝宝石包裹体种类大多为气泡包裹体，形状规则，为浑圆状，在表面上看时，呈半圆的小坑。
