形成环境不同，水晶在地底或者水资源丰富的岩洞中形成，玉石在河流底层或山石表面形成；分类不同，水晶是晶体矿物，属于宝石类，玉石是矿物集合体，属于玉石类；坚硬度不同，水晶的硬度高，坚硬度低，玉石的硬度低，但坚硬度高。
水晶的形成环境在地下深处或者在水资源非常丰富的岩洞中，在低压高温中形成，玉石的形成环境在河流底层或者在山石表面上，来自地下深处的岩浆，再通过地质作用形成的。
水晶属于晶体矿物，归属于宝石类，主要成分是二氧化硅，来自石英家族，玉石属于矿物集合体，归属于玉石类，主要成分是三氧化二铝、氧化钠、二氧化硅等。
水晶的硬度高，为摩氏6.5度到7度，但是坚硬度较低，质地较为柔软，很容易被小刀划伤损坏，而玉石的硬度低，一般在摩氏4.7度左右，但是坚硬度较高，质地坚硬，用小刀划过时表面不会有划痕。
