鉴别染色水晶可以浸泡在热水内一段时间，染色处理的水晶可能会出现褪色的情况，而天然水晶不会褪色。此外染色的水晶颜色看起来是妖艳、浮夸、整体均匀统一的，而天然水晶的外观是纯净、亮丽、迷人的。
鉴别染色水晶可以泡水，将染色水晶浸泡在热水内一段时间后，染色处理的水晶可能会出现褪色的情况，水中也会漂浮色素，而天然水晶不会褪色。
此外鉴别染色水晶也可以看颜色分布，染色处理过的水晶颜色看起来会非常均匀、统一，并且颜色像是漂浮在表面。而天然水晶的颜色是由内而外的，颜色自然、存在深浅变化。
染色水晶还可以通过用酒精擦拭来鉴别，用棉签蘸取一点酒精用力擦拭水晶后，染色的水晶会出现掉色的情况，并且长期佩戴颜色会慢慢变淡，而天然水晶的颜色不会发生变化。
