一般来说金刚菩提每次泡水大概半个小时左右，由于它是植物的种子，若是泡水的时间过长，会吸水过多导致内部分子体积增大，这样会影响金刚菩提的品质。当泡水后要用干毛巾擦干净，再放在阴凉的通风处晾干即可。
在清洗金刚菩提的时候，最好不要泡水的时间太久，一般每次泡水大概不宜超过半个小时，由于金刚菩提是植物的种子，表面的材质主要是木质部，若是长时间泡水，会造成内部结构吸水出现体积膨胀的现象，这样会影响它的品质。
同时泡水的时间越长，表面的脏物就容易渗入内部结构的缝隙中，这样容易导致金刚菩提出现变色的现象。此外表面也容易出现霉变的现象，所以金刚菩提泡水清洗干净后，应及时用毛巾将其擦干，再放在阴凉处晾干。
当金刚菩提泡水后，最好用猪毛刷仔细的刷洗几次，将表面的渣滓处理干净，再放在干净的布揉搓几次，之后用力的将里面的水甩干净，这样就可以放在手上盘玩，也不会影响金刚菩提的色泽。
