在清理天意菩提子的时候，如果污垢比较多的话，可将其放在温水中浸泡清洗，用钢丝刷仔细刷洗每个部位，再将其放在阴凉处晾干。或者在干刷的时候，适当在刷子上蘸一些橄榄油或者植物油，在平时多刷，这样也能得到很好的清洁效果。
对于刚买来的天意菩提子来说，表面上难免残留一些果肉和皮屑，此时可将其放在温水中浸泡清洗，主要用钢丝刷以垂直的角度平刷，还要保证每个部位都要被刷到，多刷洗几次，之后放在阴凉处晾干。
如果天意菩提子污垢很多的时候，最好在平时用硬毛刷多刷，主要以干刷为主，可适当的在表面上均匀的涂抹一些橄榄油或者植物油，有条件的话可用甘油或者硅油以作为清洁剂，这样能达到深度清洁的效果。
盘玩天意菩提子最好的方式就是多刷多盘，这样能有效防止过多的污垢侵入，平时在刷子上蘸一些精油进行擦拭，保证珠子的表面都能清洁干净，但刷完后不宜及时戴在身上，应放几天晾干后再贴身佩戴。
