皂角籽有人工去皮和机器去皮两种方法，人工去皮是手动将皂角籽的壳与皮剥离，比较复杂。机器去皮是将皂角籽放进专门的机器当中进行去皮，机器去皮的皂角籽不太完整，但与人工去皮相比胜在省时省力。
皂角籽在去皮的时候先要将皂角籽外面的壳去除掉，去壳后的皂角籽还包裹着一层薄膜，将这层薄膜也去掉，剥出皂角籽。而后在剥出皂角籽褐色的外壳，之后再剥掉绿色的外壳即可。
其实皂角籽也可以用机器进行去皮，只是用机器去皮的皂角籽很容易破坏皂角米的结构，不如手工剥出来的皂角籽完整，且机器去皮的皂角籽需要进行筛选分类才是。虽然机器去皮的皂角籽不太完整，但胜在省时省力，因为人工剥皂角籽的皮会比较麻烦。
不论是人工剥皮还是机器剥皮，都需将皂角籽进行合理储存。将剥好皮的皂角籽置于阳光底下进行晾晒，将皂角籽的水分晾干，以免皂角籽发生变质虫蛀，而后将皂角籽进行密封储存即可。
