首先将九华山金叶莲花菩提放在温水里浸泡2～3个小时，以软化表面的污垢，用软毛刷仔细刷洗每个部位。刷的时候不要过度用力，以免造成纹理的损坏，再放在清水里漂洗，用手不停的搅拌，沥干水分后用毛巾仔细揉搓。
由于九华山金叶莲花菩提的外壳很硬，可以先将其放在温水中浸泡2～3个小时，以软化表面的果肉和残渣，再用软毛刷仔细刷洗每个部位，以保证表面的清洁。
再将其放在清水里漂洗，刷的时候不要过度用力，否则会损伤纹理，还要用手不停的搅拌，清洗干净后放在毛巾上自习揉搓，以达到深度清洁的效果。
清洗干净后就可以放在阴凉的位置处晾干，但不可直接放在强光下暴晒，更不能进行烘烤，等它完全干燥后，就可以直接放在手上盘玩。
