小叶紫檀可以通过闻味道来鉴别，真正的小叶紫檀经过揉搓会散发出檀香味，而大叶紫檀、红酸枝会散发酸香味，血檀会散发巧克力的味道。此外真正的小叶紫檀有不规则的鸡翅纹理，纹理间距较近，而假的小叶紫檀没有鸡翅纹理，或者纹理比较疏松。
鉴别小叶紫檀可以闻味道，真正的小叶紫檀用手揉搓之后会散发出一种檀香味，而大叶紫檀、红酸枝会散发出酸香味，血檀会散发出类似于巧克力的味道。
此外小叶紫檀也可以通过看纹路来鉴别，真正的小叶紫檀都有不规则的鸡翅纹理，并且鸡翅纹距离较近。而假的小叶紫檀几乎看不到鸡翅纹，即便有鸡翅纹也距离很远。
仔细观察小叶紫檀时，可以发现真正的小叶紫檀表面都会有棕眼、牛毛纹，其中野生的小叶紫檀棕眼细腻、微小、数量少，速生林或人工林的小叶紫檀棕眼和牛毛纹较多、粗糙，假冒的小叶紫檀没有牛毛纹和棕眼。
