大部分玻璃种都没有明显的颜色，只会带有淡淡的底色，例如绿色、红色、黄色或蓝色。玻璃种翡翠带明显颜色的非常稀少，因为玻璃种翡翠带的颜色越多，越浓艳，价值最高，其中以满色、正绿的玻璃正帝王绿翡翠最佳。
玻璃种翡翠的颜色都比较淡，大部分玻璃种翡翠的颜色都不是很明显，都只会带有淡淡的底色，有的底色为淡淡的绿色，也有的底色为淡淡的红、蓝色或黄色。
带有明显颜色玻璃种翡翠只有极少部分，而玻璃种翡翠的颜色越多、越浓艳，价值就会越高，其中以满色、正绿的玻璃种帝王绿翡翠最佳。
玻璃种翡翠因为含有不同的染色离子，所呈现出的颜色会有所不同，例如含有铬元素的玻璃种翡翠会呈现出淡绿色、深绿色，含锰元素的玻璃种翡翠会呈淡紫色、深紫色。
