结构不同，南红内部为特殊的点状朱砂排列结构，红玛瑙也是晶体颗粒排列，但不是点状朱砂；质地不同，南红质地细腻，有油脂光泽，红玛瑙质地清透，为玻璃质感；颜色不同，南红颜色鲜亮艳丽，是红玛瑙中的名贵品种，红玛瑙颜色丰富但不够纯正。
南红与红玛瑙结构不同。用强光手电筒照射，能够看到南红的内部有许多细密的点状朱砂排列，红玛瑙的内部也有晶体颗粒排列，但不是特殊的朱砂点，还有南红内部才有朱砂。
南红与红玛瑙质地不同。南红的质地细腻，有油脂光泽，手感温润，看起来干净浑厚。红玛瑙质地清透，为玻璃质感，不够浑厚，对比之下，光泽也显得暗淡。
南红与红玛瑙颜色不同。南红的颜色是红玛瑙中最艳丽的颜色，也是红玛瑙中最名贵的品种。南红的颜色为鲜亮浓郁的红色，红玛瑙的颜色有很多，颜色不够纯正。
